Einzelne Einträge kannst du nicht löschen, das stimmt. Aber du kannst im Google Reader einstellen, dass gelesene Einträge nicht mehr angezeigt werden.
Du kannst auch den umgekehrten Weg gehen und dir wichtige Einträge mit einem „Stern“ versehen und über eine Ansicht auflisten.
Ebenso gibt es die Möglichkeit Einträge zu taggen und je nach Tag getrennt aufzulisten. Wenn du also wichtige Beiträge aufheben willst wären die beiden letzten Möglichkeiten vorhanden ohne, dass du den Rest löschen musst.
Aber probier einfach mal den Google Reader (oder Bloglines oder…) neben deinem Desktopreader aus damit du ein Gefühl dafür bekommst.