Dennoch kann ich mir keinen guten Grund vorstellen, warum Apple nicht einfach Support für ein paar Codices mehr eingebaut hat (außer natürlich, um QuickTime zu forcieren).

Mit VLC geht das transcoden ganz einfach (wenn man vlc mit ffmpeg kompiliert hat), siehe http://wiki.videolan.org/index.php/IPod
Mit mencode müsste es auch recht gut gehen, das hab ich allerdings noch nicht ausprobiert.