Hallo Silvia,
wenn du mittels Spartacus ein Plugin Update installierst wird das einfach „drüber“ gespielt“. Da muss man nichts deinstallieren etc. Auch habe ich noch kein Plugin (außer es wäre extrem fehlerhaft gewesen) erlebt, dass die Einstellungen der vorigen Version gelöscht hätte.
Das ist eines der Vorteile an S9y – es geht wirklich (meistens 😉 so einfach, wie gedacht.

Warum der Trackback nicht funktionierte kann ich dir adhoc auch nicht sagen. Schreib mir ev. eine E-Mail wie du genau den Trackback setzen wolltest (Link im Text und automatisiertes senden,…) – vielleicht kommen wir auf eine Lösung.